Gebaseerd op de roman Le Fantôme de l’Opéra van Gaston Leroux uit 1910, vertelt Phantom of the Opera het aangrijpende verhaal van Christine Daaé, een jonge sopraan wiens buitengewone stem een mysterieuze gemaskerde figuur betovert die bekendstaat als The Phantom.

Dit briljante maar gekwelde muzikale genie leeft in de catacomben van het Parijse operahuis en zaait angst onder iedereen die er woont en werkt.

Aangetrokken door Christines sensationele talent, wordt The Phantom haar mentor. Hij gelooft dat alleen zij zijn muziek echt tot leven kan brengen. Terwijl hij haar vanuit de schaduwen begeleidt, wordt hij verliefd op haar. Wanneer Christine wordt herenigd met haar jeugdliefde Raoul, inmiddels de jonge beschermheer van het operahuis, raakt ze verwikkeld in de onvoorspelbare dynamiek van een krachtige liefdesdriehoek. De obsessie van The Phantom met zijn nieuwe ster leidt tot een dramatische wending waarin toewijding, jaloezie en passie botsen.